2009年6月，經市政府批準，合肥市軌道交通集團有限公司正式成立。公司屬國有獨資公司，由合肥市建設投資控股（集團）有限公司投資設立，注冊資本伍拾叁億五仟玖佰萬元。與合肥市軌道交通建設辦公室合署辦公。公司主要從事城市軌道交通建設、運營及沿線相關資源開發。經營范圍包括：城市軌道交通項目策劃、投資、建設、運營管理和資源開發；系統設備租賃、經銷；軌道交通沿線及相關地區、地下空間資源開發及管理；物業管理；酒店管理；城市基礎設施設計及咨詢；代理設計、制作、發布國內廣告。

組織結構

• 2018年1月6日， 長三角城市軌道交通企業領導人第四次圓桌會議在肥組織召開，來自上海、南京、杭州、寧波、蘇州、無錫、常州、合肥等8個城市軌道交通企業領導人齊聚一堂，圍繞“推動區域聯動互通，實現地鐵創新發展”這一主題，共謀長三角城市軌道交通發展大計，共話創新發展美好未來。

• 2018年1月15日，  合肥軌道交通自助購票機微信掃碼支付購票功能全面上線，進一步方便了廣大乘客購票乘車。

• 2018年5月23日 ，合肥軌道交通迎來歷史性的時刻，線網總客流成功突破1億人次。

• 2018年6月22日， 合肥市軌道交通3號線機電安裝和車站裝修工程在樣板站新海大道站正式啟動，標志著3號線工程建設取得重大進展，正式進入機電安裝、車站裝修施工階段。

• 2018年7月24日 ，合肥市軌道交通3號線首列車正式開工監造，標志著3號線距離開通運營又近了一步。

• 2018年7月-9月， 公司承辦合肥市2018年度（第十九屆）職業技能競賽、合肥市2018年勞動和技能競賽兩項賽事，高水平的展示了合軌職工風采，并為中國城市軌道交通協會“新譽杯”首屆全國城市軌道交通行業職業技能競賽和國家交通運輸部“捷安杯”第十屆全國交通運輸行業城市軌道交通職業技能大賽選送能手。

• 2018年12月12日，合肥軌道交通線網（1、2號線）各車站正式上線啟用“銀聯移動支付過閘技術”，乘客只需用手機即可完成支付過閘乘車，享受智能公共交通帶來的高效與便捷。

• 2018年12月20日，合肥市軌道交通3號線“合肥站～新蚌埠路站”盾構區間左線貫通，標志著3號線地下盾構區間實現全線洞通。

• 2018年12月24日 ，國家發改委正式受理《合肥市城市軌道交通近期建設規劃（2018-2023）》，標志著合肥市軌道交通第三輪建設規劃報批工作進入快車道。

• 2018年12月24日 ，合肥軌道交通二維碼過閘技術在我市軌道交通線網（1、2號線）各車站正式上線公測，合肥軌道交通加入全國軌道交通掃碼過閘大家族，緊跟移動支付的潮流。